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肝穿刺活組織檢查，對慢性肝病的確定診斷是最有價值的方法之一。目前多采用細針抽吸法，極少引起出血的危險。小腸活組織檢查，經口腔將小腸活檢器送至空腸或回腸（可經內鏡引導通過幽門），采取粘膜組織進行病理檢查，對腹瀉和小腸吸收不良很有診斷價值。檢查時應嚴格掌握適應證。此外，內鏡直視下活組織檢查、在B型超聲引導下進行實質性腫塊的細針經皮穿刺活體組織細胞學檢查及外科手術活組織檢查等，均可作出病理診斷。

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