微生物種類繁多，至少有十萬種以上。按其結(jié)構(gòu)、化學(xué)組成及生活習(xí)性等差異可分成三大類。

一、真核細(xì)胞型微生物 細(xì)胞核的分化程度較高，有核膜、核仁和染色體；胞質(zhì)內(nèi)有完整的細(xì)胞器（如內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、核糖體及線粒體等）。真菌屬于此類型微生物。

二、原核細(xì)胞型微生物 細(xì)胞核分化程度低，僅有原始核質(zhì)，沒有核膜與核仁；細(xì)胞器不很完善。這類微生物種類眾多，有細(xì)菌、螺旋體、支原體、立克次體、衣原體和放線菌。

三、非細(xì)胞型微生物 沒有典型的細(xì)胞結(jié)構(gòu)，亦無產(chǎn)生能量的酶系統(tǒng)，只能在活細(xì)胞內(nèi)生長繁殖。病毒屬于此類型微生物。