現(xiàn)代植物分類是按照植物形態(tài)的異同、習性的差別以及親緣關系的遠近系統(tǒng)排列的。因此，一般說來，在植物分類系統(tǒng)中位置愈接近的植物，它們的親緣關系就愈接近。植物分類系統(tǒng)與化學成分的關系，實際上是指植物親緣關系與化學成分的關系。

　　親緣關系相近的植物種類由于有相近的遺傳關系，往往具有相似的生理生化特征。親緣關系愈近，共同性愈多；親緣關系愈遠，共同性愈少。如異喹啉類生物堿主要分布于多心皮類及其近緣類植物的一些科中，如木蘭科、睡蓮科、馬兜鈴科、防已科、毛莨科、小檗科、罌栗科、蕓香科等。這些科中的生物堿的化學結構也顯示相互之間有緊密的親緣關系，與產(chǎn)生它們的植物科之間的親緣關系一致。吲哚類生物堿中最大的一族為雞蛋花烴（Plumerane）型吲哚生物堿，這族生物堿僅存在于夾竹桃科中的雞蛋花亞科植物中。同屬植物的親緣關系很相近，醫(yī)學教|育網(wǎng)|收集整理因而往往含有近似的化學成分。如小檗屬（Berberis）植物含小檗堿，大黃屬（Rheum）植物含羥基蒽醌衍生物等等。