細(xì)菌的分類的變化根本上反應(yīng)了發(fā)展史思想的變化，許多種類甚至經(jīng)常改變或改名。最近隨著基因測序，基因組學(xué)，生物信息學(xué)和計算生物學(xué)的發(fā)展，細(xì)菌學(xué)被放到了一個合適的位置。

　　最初除了藍(lán)細(xì)菌外（它完全沒有被歸為細(xì)菌，而是歸為藍(lán)綠藻），其他細(xì)菌被認(rèn)為是一類真菌。隨著它們的特殊的原核細(xì)胞結(jié)構(gòu)被發(fā)現(xiàn)，這明顯不同于其他生物（它們都是真核生物），導(dǎo)致細(xì)菌歸為一個單獨的種類，在不同時期被稱為原核生物，醫(yī)學(xué)教|育網(wǎng)|收集整理細(xì)菌，原核生物界。一般認(rèn)為真核生物來源于原核生物。

　　通過研究rRNA序列，美國微生物學(xué)家伍茲（CarlWoese）于1976年提出，原核生物包含兩個大的類群。他將其稱為真細(xì)菌（Eubacteria）和古細(xì)菌（Archaebacteria），后來被改名為細(xì)菌（Bacteria）和古菌（Archaea）。伍茲指出，這兩類細(xì)菌與真核細(xì)胞是由一個原始的生物分別起源的不同的種類。研究者已經(jīng)拋棄了這個模型，但是三域系統(tǒng)獲得了普遍的認(rèn)同。這樣，細(xì)菌就可以被分為幾個界，而在其他體系中被認(rèn)為是一個界。它們通常被認(rèn)為是一個單源的群體，但是這種方法仍有爭議。