用電子顯微鏡觀察的樣品也要經過認真細致的處理，以至于今天出現了一門非常有用的技術科學—電子顯微鏡學。電子顯微鏡觀察樣品的方法很多，基本上可以分為透射型和掃描型兩類。前者是電子流通過觀察樣品而形成圖象；后者則是用來觀察微生物的表面細節(jié)，分辨率大約在7納米左右。待觀察的樣品則必須進行相當復雜的處理，而且有些處理方法是和用光學顯微鏡觀察時很不相同的，因為在進行電子顯微鏡觀察時受到一些特殊限制。首先，由于樣品處于高真空環(huán)境中，樣品必須盡可能保持原狀，所以微生物樣品要進行固定和脫水處理；第二，要使電子束全部透過樣品，所以樣品必須盡可能薄；第三，為了便于觀察，圖象的反差要大，光學顯微鏡是靠光的吸收差異來達到，而電子顯微鏡則靠電子散射程度，決定電子散射程度的是元素的質量和厚度，為此常用重金屬處理，例如金、鉑等處理。

　　投射電子顯微鏡的觀察樣品的主要制備方法是：

　　1、投影法

　　在真空條件下，用電子散射能力強的重金屬原子來噴鍍樣品表面，這樣在樣品和沒有噴鍍的區(qū)域形成了較強的反差，而沒有噴鍍的部分成了樣品的投影，根據投影我們可以了解樣品的立體形狀、高度，通常用這種方法來觀察細菌的鞭毛或病毒的顆粒。

　　2、負染法

　　因為這種方法是將樣品的背景染色以突顯樣品，所以稱為負染。一般是用電子密度高，本身不會顯示任何結構，又和樣品不起反應的物質，例如磷鎢酸的鈉鹽將樣品包圍，同時染色劑還會投入觀察對象的內部，這樣，既能顯示外形，又可在一定程度上反應樣品的內部結構。用這種方法可以觀察細菌細胞、病毒等。

　　3、超薄切片法

　　這是最常用的方法，因為可以觀察細胞或其它樣品內部的細微結構。通常是要按照一定程序對樣品進行固定，脫水，然后包埋在樹脂中作為支持物，用超薄切片機切成極薄的切片。因為只有在20～100納米厚度的切片用投射電子顯微鏡才能觀察，所以一般細菌樣品，一個細胞要分割成10片到50片。

　　4、冰凍蝕刻法

　　所謂冰凍蝕刻，是把樣品放在-196℃的液態(tài)氮中迅速冷凍，然后加溫到-100℃，使樣品變得非常脆弱易碎，再用預先也冷卻到-196℃的非常鋒利的玻璃斷口切割經冷凍的樣品，這樣使樣品在最容易斷裂的部位斷開（如果是微生物細胞，則多半是沿內膜中部），然后讓樣品放在真空條件下升華掉斷口處的冰，最后用重金屬噴鍍該斷口表面，即可用電子顯微鏡觀察其結構。用這種制備方法的優(yōu)點是可以避免在固定、脫水和包埋過程中造成細胞結構的人為改變而形成的假象醫(yī)|學教育網搜集整理。

　　和投射電子顯微鏡是靠透過物體的電子成像不同，掃描電子顯微鏡的成像是靠觀察物體表面發(fā)射的電子。掃描電子顯微鏡是用聚焦得很細的電子束在樣品表面掃描。電子激發(fā)樣品表面的原子放電，釋放出微細的電子簇（二次電子），用靈敏的檢測裝置可以捕獲它們，然后通過類似電視機的原理將樣品圖象呈現出來。二次電子對檢測器的作用取決于樣品表面的性質，當電子激發(fā)樣品表面突起部位時，會有大量二次電子進入檢測器，而表面凹陷處則只有少量二次電子進入，所以可以顯出反差突出、明暗清晰的三維圖象。而且它的成像焦深較長，圖象的立體感強，和肉眼所見差別不大。制備掃描電子顯微鏡的樣品也先要經過固定、脫水等處理，以免在真空條件下變形失真，為了獲得較多的二次電子，表面要噴涂重金屬和碳原子。