耐藥性可分為固有耐藥（intrinsic resistance）和獲得性耐藥(acguired resistance)。固有耐藥性又稱天然耐藥性，是由細菌染色體基因決定、代代相傳，不會改變的，如鏈球菌對氨基糖苷類抗生素天然耐藥；腸道G-桿菌對青霉素天然耐藥；銅綠假單胞菌對多數(shù)抗生素均不敏感。獲得性耐藥性是由于細菌與抗生素接觸后，由質粒介導，通過改變自身的代謝途徑，使其不被抗生素殺滅。如金黃色葡萄球菌產生β-內酰胺酶類抗生素耐藥。細菌的獲得性耐藥可因不再接觸抗生素而消失，也可由質粒將耐藥基因轉移個染色體而代代相傳，成為固有耐藥。