根據(jù)中央三碳鏈的氧化程度、B-環(huán)連接位置（2-或3-位）以及三碳鏈?zhǔn)欠駱?gòu)成環(huán)狀等特點(diǎn)，可將主要的天然黃酮類(lèi)化合物分類(lèi)：黃酮類(lèi)(flavones)、黃酮醇(flavonol)、二氫黃酮類(lèi)(flavonones)、二氫黃酮醇類(lèi)(flavanonol)、花色素類(lèi)(anthocyanidins)、黃烷-3，4二醇類(lèi)(flavan-3,4-diols)、雙苯吡酮類(lèi)(xanthones)、查爾酮(chalcones)和雙黃酮類(lèi)(biflavonoids)等十五種。另外，還有一些黃酮類(lèi)化合物的結(jié)構(gòu)很復(fù)雜，其中包括榕堿及異榕堿等生物堿型黃酮。