白鱀豚在歷史上曾經(jīng)廣泛分布于長江流域。從三峽地區(qū)的宜昌葛洲壩上游35千米處，一直到上海附近的長江入海口，包括洞庭湖和鄱陽湖在內，全長約1700千米的江水中都有白鱀豚的分布。

但是長期以來受到人類活動的影響，其種群數(shù)量和分布區(qū)域逐漸縮小。今天的長江流域居住著3億多的人口，相當于全世界5%，他們的江畔活動形成了白鱀豚數(shù)量下降的第一大原因。20世紀人們所收集到的白鱀豚標本中，有92%都是來自人為緣故所造成的死亡。到了1990年代，白鱀豚在洞庭湖與鄱陽湖湖區(qū)已經(jīng)絕跡。在長江江水中分布范圍的上限也已移至葛洲壩下游170千米處的荊州附近。其下限縮減更為嚴重，到南京附近就已蹤跡罕至。在1997年至1999年的觀測中，在南京下游臨近的江陰以下就從未再有發(fā)現(xiàn)。

2000年至2004年的幾次觀測中，其分布主要限于長江流域洞庭湖至銅陵段。其中主要聚集在銅陵段、鄱陽湖段和洪湖段3個區(qū)域。最后一次在野外發(fā)現(xiàn)白鱀豚，是2004年在長江南京段發(fā)現(xiàn)的一頭擱淺死去的尸體。

2007年8月19日，銅陵一市民在長江岸邊目擊到一頭神秘動物并攝下錄像，據(jù)中國科學院水生動物研究所專家判定為白鱀豚，但是這一發(fā)現(xiàn)也沒有改變科學界對白鱀豚可能已經(jīng)滅絕的斷定。

白鰭豚主要生活在長江中下游及與其連通的洞庭湖、鄱陽湖、錢塘江等水域中，通常成對或10余頭在一起，喜在水深流急處活動?，F(xiàn)有數(shù)量稀少，20年前的估計只有300頭左右，當時就已面臨滅絕的危險。