盡管人胚胎干細(xì)胞有著巨大的醫(yī)學(xué)應(yīng)用潛力，但圍繞該研究的倫理道德問題也隨之出現(xiàn)。這些問題主要包括人胚胎干細(xì)胞的來源是否合乎法律及道德，應(yīng)用潛力是否會引起倫理及法律問題。從體外受精人胚中獲得的ES細(xì)胞在適當(dāng)條件下能否發(fā)育成人？干細(xì)胞要是來自自愿終止妊娠的孕婦該如何辦？為獲得ES細(xì)胞而殺死人胚是否道德？是不是良好的愿望為邪惡的手段提供了正當(dāng)理由？使用來自自發(fā)或事故流產(chǎn)胚胎的細(xì)胞是否恰當(dāng)？一些人爭辯，從人胚中收集胚胎干細(xì)胞是不道德的，因?yàn)槿说纳鼪]有得到珍重，人的胚胎也是生命的一種形式，無論目的如何高尚，破壞人胚是不可想象的。而某些人辯稱，由于科學(xué)家們沒有殺死細(xì)胞，而只是改變了其命運(yùn)，因而是道德的。有些人擔(dān)心，為獲得更多的細(xì)胞系，公司會資助體外受精獲得囊胚及人工流產(chǎn)獲得胎兒組織。他們建議應(yīng)該鼓勵成人體干細(xì)胞研究而應(yīng)放棄胚胎干細(xì)胞研究。

如果胚胎干細(xì)胞和胚胎生殖細(xì)胞可以作為細(xì)胞系而可買賣獲取，科學(xué)家使用它們符合道德規(guī)范嗎？什么類型的研究可被接受？能允許科學(xué)家為研究發(fā)育過程或建立醫(yī)學(xué)移植組織而培養(yǎng)個(gè)體組織和器官嗎？由于目前已接受人體基因可以插入動物細(xì)胞中，將人胚胎干細(xì)胞嵌入家畜胚胎中創(chuàng)立嵌合體來獲得移植用人體器官是否道德？為了治療，改變來自有基因缺陷胚胎的ES細(xì)胞的基因，并使其繼續(xù)發(fā)育成健康個(gè)體是否道德？如果人的替代組織極易獲取，會不會有更多的人將不負(fù)責(zé)任地生活，而從事高風(fēng)險(xiǎn)的活動？這些問題很難簡單回答，必須認(rèn)真研究人胚胎干細(xì)胞研究涉及的倫理、社會、法律、醫(yī)學(xué)、神學(xué)和道德問題。

考慮到美國法律禁止使用政府資金資助人胚胎研究，美國國立衛(wèi)生研究所(NIH)主任沃馬斯教授曾向主管NIH的政府部門——美國衛(wèi)生和福利部（DHHS）咨詢有關(guān)法律意見。DHHS在1998年12月決定：“美國國會關(guān)于禁止人胚胎研究的法案不適用于胚胎干細(xì)胞研究，因?yàn)榘茨壳暗亩x胚胎干細(xì)胞不等于胚胎”，此外，“由于胚胎干細(xì)胞植入子宮后，不具有依靠自身發(fā)育成個(gè)體人的能力，不能將其視為人胚胎。”因此，DHHS可以資助來自胚胎的多能干細(xì)胞的研究。至于人胚胎生殖細(xì)胞，因?yàn)榕咛ド臣?xì)胞來自無活力的胎兒，獲得和使用此類細(xì)胞符合聯(lián)邦法律有關(guān)胎兒組織研究的規(guī)定，因而也可獲得DHHS資助。對此決定人們反應(yīng)不一。美國73位著名科學(xué)家（其中67位是諾貝爾獎獲得者）馬上聯(lián)名表示支持，稱這一決定是值得贊賞和高瞻遠(yuǎn)矚的（Science,1999,Vol283:1849），某類研究引起如此眾多諾貝爾獎得主的關(guān)注在科學(xué)史上是絕無僅有的，這也從一個(gè)側(cè)面反映了胚胎干細(xì)胞研究的重要性及艱巨性。美國幾個(gè)頗具影響的學(xué)術(shù)團(tuán)體如美國實(shí)驗(yàn)生物學(xué)會聯(lián)盟，美國細(xì)胞生物學(xué)會和美國發(fā)育生物學(xué)會也都支持有關(guān)聯(lián)邦資金可以資助人胚胎干細(xì)胞研究的決定。民主黨參議員湯姆。哈金稱這一決定將為科學(xué)發(fā)現(xiàn)許多疾病的新療法鋪平道路，并且強(qiáng)調(diào)政府不應(yīng)該對醫(yī)學(xué)研究設(shè)置禁令。NIH主任沃馬斯稱這項(xiàng)科研工作的前景將燦爛輝煌，不過他還是提醒研究人員，用聯(lián)邦資金從事獲得新的胚胎干細(xì)胞系仍違法，但是科學(xué)家可以使用聯(lián)邦資金對湯姆生和吉爾哈特獲得的人胚胎干細(xì)胞系進(jìn)行研究。

DHHS有關(guān)ES細(xì)胞研究的規(guī)定卻遭到某些國會、教會和人權(quán)組織人士的反對。天主教人士道爾福林格指責(zé)這一規(guī)定嚴(yán)重違反目前法律精神：“他們將用私人資金摧毀胚胎，而用聯(lián)邦資金從事胚胎實(shí)驗(yàn)。”在1999年2月，70位眾議員在一封寫給衛(wèi)生和福利部部長的信中要求廢除此項(xiàng)規(guī)定，稱它“違犯了美國政府嚴(yán)禁資助破壞人胚胎的實(shí)驗(yàn)研究的聯(lián)邦法律條文和精神”。美國生命聯(lián)盟人權(quán)組織主席朱迪布朗抗議使用干細(xì)胞，因?yàn)樗鼈儊碜詰?yīng)受美國法律保護(hù)的可發(fā)育成人的胚胎。國會議員杰.迪凱極力反對該規(guī)定，甚至要將DHHS告上法庭，他認(rèn)為目前的法律不允許聯(lián)邦資金用于胚胎干細(xì)胞研究，也不必對此做任何修改，他強(qiáng)調(diào)“科學(xué)應(yīng)為人類服務(wù)，而不是人為科學(xué)服務(wù)”。反墮胎活動分子更是要求國會干預(yù)和阻撓此類研究。在廣泛聽取各方意見的基礎(chǔ)上，NIH在NBAC的指導(dǎo)下終于在1999年12月公布了“關(guān)于胚胎干細(xì)胞研究的指導(dǎo)原則”。

從表中可以看出，再用湯姆生的方法從人胚中獲得新的胚胎干細(xì)胞系是違法的，但允許對已獲得的來自人胚的細(xì)胞系進(jìn)行研究。對于用吉爾哈特方法獲得、使用和研究來自胎兒組織的細(xì)胞系則相對寬容。盡管該規(guī)定還很苛刻，但畢竟為人胚胎干細(xì)胞的研究打開了大門。