藥師如來在過去世行菩薩道時，為救度眾生而發(fā)十二大愿（或稱十二上愿）如下：

第一大愿

愿我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明熾然，照耀無量無數(shù)無邊世界。以三十二大丈夫相、八十隨形好莊嚴(yán)其身，令一 切有情，如我無異。

第二大愿

愿我來世得菩提時，身如琉璃，內(nèi)外明徹，凈無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網(wǎng)莊嚴(yán)，過于日月，幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業(yè)。

第三大愿

愿我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。

第四大愿

愿我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞、獨(dú)覺乘者，皆以大乘而安立之。

第五大愿

愿我來世得菩提時，若有無量無邊有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設(shè)有毀犯，聞我名已，還得清凈，不墮惡趣。

第六大愿

愿我來世得菩提時，若諸有情其身下劣，諸根不具，丑陋頑愚、盲聾喑啞、攣躃背僂、白癩顛狂種種病苦，聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。

第七大愿

愿我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫(yī)無藥，無親無家，貧窮多苦，我之名號，一經(jīng)其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。

第八大愿

愿我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，愿舍女身，聞我名已，一切皆得轉(zhuǎn)女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。

第九大愿

愿我來世得菩提時，令諸有情出魔罥網(wǎng)，解脫一切外道纏縛；若墮種種惡見稠林，皆當(dāng)引攝置于正見，漸令修習(xí)諸菩薩行，速證無上正等菩提。

第十大愿

愿我來世得菩提時，若諸有情王法所加，縛錄鞭撻。系閉牢獄。工當(dāng)刑戮及余無量災(zāi)難凌辱。悲愁前逼。身心受苦。若聞聲名。以我福德威神力故皆得解脫一切憂苦。

第十一大愿

愿我來世。得菩提時。若諸有情。饑渴所惱。 為求食故。造諸惡業(yè)。得聞我名。專念受持。我當(dāng)天以上妙飲食飽足其身。后以法昧畢竟安樂。而建立之。

第十二大愿

愿我來世得菩提時。若諸有情，貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱，若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服。亦得一切實(shí)莊嚴(yán)具。華鬘涂香，鼓樂眾伎，隨心所玩，皆令滿足。