川崎病的發(fā)病原因至今未明。根據(jù)以往數(shù)次小流行中，曾有家庭發(fā)病情況，臨床上又有許多表現(xiàn)酷似急性感染，提示似有病原體存在。但男嬰較多，日本發(fā)生率高和至今未找到直接致病病原體的現(xiàn)狀，感染的說法不能完全確立。在所有病原菌中最受關注的是鏈球菌，但至今從未由患兒體內分離到鏈球菌。也有人提到一種在禽獸間致病的耶爾森（Yersinia）菌中的假結核型株感染?似與川崎病相關，但也無法找到確實的證據(jù)。