服用氟西汀的常見不良反應(yīng)有：全身或局部過敏，胃腸道功能紊亂（如惡心、嘔吐、消化不良、腹瀉、吞咽困難等），厭食，頭暈、頭痛，睡眠異常，疲乏，精神狀態(tài)異常，性功能障礙，視覺異常，呼吸困難等等。 對于正在使用單胺氧化酶抑制劑（MAOI）等藥物者，應(yīng)禁用氟西汀。對于肝功能不全者，氟西汀和去甲氟西汀的半衰期分別增至7天和14天，因此應(yīng)考慮減少用藥劑量或降低用藥頻率。

美國食品藥物管理局公布指出所有抗抑郁藥都有增加年輕人自殺可能性的風(fēng)險。也有實驗指出服用氟西汀后，對于小孩可能增加了自殺可能性，而對于成人則可能減小了自殺可能性。

此外，亦有報道稱服用氟西汀可能引起暴力傾向增強。

臨床發(fā)現(xiàn)大劑量的服用氟西汀可能導(dǎo)致一些患者出現(xiàn)藥物性孤獨癥。但是停用后癥狀會消失。

歐盟警告氟西汀引起先天性心血管出生缺陷 2010年2月，歐洲藥品管理局藥物警戒工作組（PhVWP）發(fā)布一項評估結(jié)果：妊娠期前三個月使用氟西汀會增加先天性心血管缺陷的風(fēng)險。

2008年，Diav-Citrin O等人在醫(yī)學(xué)文獻中所發(fā)表的一項研究顯示，在妊娠期間的前三個月使用氟西汀可能與先天性心血管缺陷存在因果關(guān)聯(lián)。藥物警戒工作組對Diav-Citrin O等人所開展的研究進行了審查，要求獲得氟西汀最早上市許可的制藥商對有關(guān)早期妊娠暴露于氟西汀的反應(yīng)和先天畸形的風(fēng)險（特別是心血管缺陷）的所有流行病學(xué)數(shù)據(jù)進行系統(tǒng)的臨床薈萃分析。薈萃分析包括9項研究[1-9]。

藥物警戒工作組對薈萃分析的結(jié)果進行了評估，并認為這些數(shù)據(jù)顯示在妊娠初期使用氟西汀而引起嬰兒出現(xiàn)心血管缺陷的風(fēng)險為2%，而在普通人群中的發(fā)生概率大約是1%。同時，還權(quán)衡妊娠期間抑郁癥未得到治療產(chǎn)生的影響以及使用氟西汀導(dǎo)致心血管先天畸形風(fēng)險之間的利弊。

因此，藥物警戒工作組建議在含氟西汀產(chǎn)品的藥品特性概要（SPCs）和包裝說明書（PLs）中添加關(guān)于該藥品會增加先天性心血管缺陷的風(fēng)險的警告。