在臨床中，白塞氏病應與單純性口腔潰瘍、瑞特綜合征、強直性脊柱炎、炎癥性腸病等相鑒別。

　　單純性復發(fā)性口腔潰瘍是—種最常見的具有反復發(fā)作特征的口腔粘膜潰瘍性損害。多發(fā)生于青壯年。唇、頰、舌尖、舌邊緣等處粘膜好發(fā)。最初，口腔粘膜充血（發(fā)紅）、水腫（略隆起），出現(xiàn)小米粒大小的紅點，很快破潰成圓形或橢圓形潰瘍，中央略凹下，表面有灰黃色的苔，周圍有狹窄紅暈。有自發(fā)性劇烈燒灼痛，遇刺激疼痛加劇，影響病人說話與進食。一般無明顯全身癥狀。而白塞病是一種全身性疾病，不僅有口腔潰瘍醫(yī)學教育網(wǎng)搜集|整理，而且有眼部病變、會陰潰瘍和針刺反應等。

　　瑞特綜合征雖可有口腔潰瘍、龜頭炎及結(jié)膜炎，易與白塞病相混淆，但前者無針刺反應和靜脈炎。

　　強直性脊柱炎的基本病變是附著點炎。常常HLA— B27陽性，嚴重或晚期者出現(xiàn)脊柱強直，脊椎關節(jié)呈竹節(jié)樣改變，可與白塞病區(qū)別。

　　克隆病可有口腔潰瘍，主要表現(xiàn)為消化道節(jié)段性的潰瘍或增生，腸道內(nèi)可呈鋪路卵石樣改變；潰瘍性結(jié)腸炎表現(xiàn)為下消化道的潰瘍，主要為乙狀結(jié)腸的病變，可以由下向上發(fā)展至回腸，有人稱之為“倒灌性回腸炎”。炎癥性腸病的病人多有較嚴重的腹瀉，大便為膿血樣。而且X線或纖維結(jié)腸鏡檢查可以輔助診斷，并與白塞病鑒別。