北京藥師協(xié)會(huì)是服務(wù)于執(zhí)業(yè)藥師的非盈利性團(tuán)體，從辦會(huì)以來(lái)就有自己的北京藥師協(xié)會(huì)宗旨。全體工作人員也以北京藥師協(xié)會(huì)宗旨為工作具體準(zhǔn)則。北京藥師協(xié)會(huì)宗旨以馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論和"三個(gè)代表"的重要思想為指導(dǎo)，全面落實(shí)科學(xué)發(fā)展觀，堅(jiān)持科學(xué)技術(shù)是第一生產(chǎn)力的思想，發(fā)揚(yáng)行業(yè)指導(dǎo)，服務(wù)自律，協(xié)調(diào)監(jiān)督作用，團(tuán)結(jié)和組織廣大執(zhí)業(yè)藥師（從業(yè)藥師），實(shí)施科教興國(guó)和可持續(xù)發(fā)展戰(zhàn)略，促進(jìn)藥學(xué)科學(xué)技術(shù)的繁榮與發(fā)展、普及與提高，促進(jìn)藥學(xué)人才的成長(zhǎng)，促進(jìn)藥學(xué)科學(xué)技術(shù)與經(jīng)濟(jì)的結(jié)合，保證藥品質(zhì)量和藥學(xué)服務(wù)質(zhì)量，代表和維護(hù)執(zhí)業(yè)藥師的合法權(quán)益，為發(fā)展藥學(xué)科學(xué)，實(shí)現(xiàn)最廣大人民群眾的根本利益服務(wù)。