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分子對接種類主要包括：（1）剛體對接：指在對接過程中，研究體系（受體和配體）的構象不發(fā)生變化。適合考察比較大的體系，如蛋白質和蛋白質間以及蛋白質和核酸之間的對接。

（2）半柔性對接：指在對接過程中，研究體系尤其是配體的構象允許在一定的范圍內變化。適合處理大分子和小分子間的對接，對接過程中，小分子的構象一般是可以變化的，但大分子是剛性的。

（3）柔性對接：指在對接過程中，研究體系的構象基本上可以自由變化的。一般用于精確考慮分子間的識別情況。由于計算過程中體系的構象可以變化，所以計算耗費最大。