醫(yī)學(xué)會(huì)議中心

會(huì)議日期	2019-07-19至 2019-07-22
會(huì)議地點(diǎn)	遼寧大連
會(huì)議學(xué)科	基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)微生物
主辦單位	中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院
學(xué)分情況	國(guó)家級(jí)II類(lèi)

尊敬的老師您好：

近年來(lái)，隨著現(xiàn)代分子生物學(xué)的發(fā)展，特別是人類(lèi)基因組計(jì)劃的實(shí)施，不斷產(chǎn)生出巨量的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)有著數(shù)量巨大、關(guān)系復(fù)雜，以至于不利用計(jì)算機(jī)根本無(wú)法實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)和分析。生物信息學(xué)大量的使用計(jì)算機(jī)技術(shù)進(jìn)行分析工作，這就要求技術(shù)人員熟悉多種分析軟件的使用方法及其在生物各領(lǐng)域的應(yīng)用技術(shù)。為進(jìn)一步推動(dòng)我國(guó)生物信息學(xué)的發(fā)展，提高從業(yè)人員的技術(shù)水平，北京中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院在中國(guó)電子學(xué)會(huì)（國(guó)家專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員繼續(xù)教育基地）的支持下舉辦此學(xué)習(xí)，并由北京中科潤(rùn)開(kāi)生物科技有限公司具體承辦，具體事宜通知如下：

指導(dǎo)單位：中國(guó)電子學(xué)會(huì)（國(guó)家專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員繼續(xù)教育基地）

主辦單位：北京中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院

一、主講專(zhuān)家：

主講專(zhuān)家來(lái)中科院等科研機(jī)構(gòu)的專(zhuān)家，擁有豐富的科研及工程技術(shù)經(jīng)驗(yàn)，長(zhǎng)期從事生物數(shù)據(jù)分析與挖掘，基因測(cè)序等工作，以第一作者發(fā)表Nature，NatureCellBiology，MolecularCell，ScienceTranslationalMedicine，CellRes等雜志40多篇。

二、培訓(xùn)對(duì)象：

大中專(zhuān)院校生物信息、生物計(jì)算、生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、化學(xué)、農(nóng)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、數(shù)學(xué)類(lèi)專(zhuān)業(yè)的課程負(fù)責(zé)人、一線教師、教研室骨干人員、教學(xué)管理人員；科研單位從事生物、生命科學(xué)、微生物研究的相關(guān)人員；生物、醫(yī)藥、化學(xué)及相關(guān)企業(yè)的領(lǐng)導(dǎo)與技術(shù)骨干。

三、報(bào)名須知：

A類(lèi)：￥RMB：2900元/人，（包含報(bào)名費(fèi)、培訓(xùn)費(fèi)、資料費(fèi)、證書(shū)費(fèi)）食宿可統(tǒng)一安排，費(fèi)用自理學(xué)員，經(jīng)培訓(xùn)考試合格后可以獲得：由北京中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院頒發(fā)的結(jié)業(yè)證書(shū)。

B類(lèi)：￥RMB：3200元/人，（包含報(bào)名費(fèi)、培訓(xùn)費(fèi)、資料費(fèi)、證書(shū)費(fèi)）培訓(xùn)結(jié)束經(jīng)考核合格，可獲得由中國(guó)電子學(xué)會(huì)頒發(fā)全國(guó)電子信息人才能力提升工程專(zhuān)業(yè)《數(shù)據(jù)分析工程師》技術(shù)證書(shū)，依據(jù)人力資源與社會(huì)保障部《國(guó)家級(jí)專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員繼續(xù)教育基地管理辦法》（人社廳發(fā)〔2013〕53號(hào)）的要求，本次學(xué)習(xí)情況，本次學(xué)習(xí)情況可計(jì)入繼續(xù)教育學(xué)時(shí)并作為對(duì)專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員考核評(píng)價(jià)、職稱(chēng)評(píng)聘、聘用和執(zhí)業(yè)注冊(cè)的重要依據(jù)。須提交電子版彩色照片，身份證復(fù)印件。

請(qǐng)各有關(guān)部門(mén)統(tǒng)一組織本地區(qū)行政、企事業(yè)單位報(bào)名參加培訓(xùn)，各單位也可直接報(bào)名參加，報(bào)名回執(zhí)表請(qǐng)郵件發(fā)送至?xí)��?wù)處。

四、時(shí)間地點(diǎn)：2019年7月19日——7月22日宏基因組學(xué)與16S上機(jī)實(shí)操班（大連）

（時(shí)間安排：第1天報(bào)到，授課3天）

五、課程內(nèi)容：

微生物宏基因組學(xué)與16S上機(jī)實(shí)操班課程大綱

一、微生物基因組

1、微生物基因組和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

1.1、微生物基因組研究的意義

1.2、微生物基因組研究概況

1.3、微生物基因組的特點(diǎn)

1.4、微生物轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

2、微生物基因組常用軟件介紹

2.1微生物基因組在線圈圖分析

2.2代謝通路分析（KEGG

2.3病原菌耐藥基因鑒定（CARD

2.4細(xì)菌基因組島鑒定（Islandviewer）

二、Linux系統(tǒng)操作簡(jiǎn)介

2.1Linux簡(jiǎn)史

2.2Linux與生物信息學(xué)

2.3Linux基本命令

2.4Linux基本操作綜合實(shí)踐

三、宏基因組學(xué)

1.16SrDNAAMPLICONSEQUENCING法

1.1.測(cè)序平臺(tái)、引物設(shè)計(jì)及區(qū)域選擇不同測(cè)序平臺(tái)、針對(duì)細(xì)菌、真菌不同微生物實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

1.2.測(cè)序量及采樣建議

針對(duì)水體、糞便、土壤、物體表面、口腔等不同生境

1.3.分析流程圖

數(shù)據(jù)收集、數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)分析

1.4.結(jié)果解析

1.4.1OTU聚類(lèi)

1.4.2物種注釋

1.4.3物種分布情況

1.4.4樣品復(fù)雜度分析：α多樣性

Coverage

Chao指數(shù)

ACE指數(shù)

Shannon曲線

Richnessrarefaction曲線

1.4.5多樣品比較分析：β多樣性

樣品間物種豐度熱圖

排序分析：

PCA分析

PCoA分析

NMDS分析

Unifrac分析

樣品聚類(lèi)分析

2.DSS（direct？shotgun？sequencing）法

2.1.分析流程

2.2.功能注釋分析

2.3.代謝途徑解析

四、R語(yǔ)言繪圖

1.1R語(yǔ)言基本介紹

1.2R語(yǔ)言基本運(yùn)算、向量函數(shù)

1.3R語(yǔ)言數(shù)據(jù)讀入以及導(dǎo)出

ggplot2基本繪圖（條形圖、散點(diǎn)圖、折線圖等）

五、宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)

1宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)介紹

2宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)定義

3宏轉(zhuǎn)錄組研究方法

4宏轉(zhuǎn)錄組研究?jī)?nèi)容

5宏基因組與宏轉(zhuǎn)錄組的差別

六、宏基因組學(xué)實(shí)踐應(yīng)用

1.筆記本電腦配置要求建議筆記本內(nèi)存4G以上，64位操作系統(tǒng)

2.針對(duì)16SrDNAampliconsequencing分析

2.1.虛擬機(jī)安裝：VirtualBox

2.2.16S分析運(yùn)行環(huán)境搭建：QIIMEVirtualMachine

2.3.實(shí)例演示及結(jié)果展示

數(shù)據(jù)預(yù)處理OTU聚類(lèi)

物種注釋OTUtable生成

α多樣性分析序列比對(duì)

構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)β多樣性分析

3.針對(duì)shotgunsequencing分析（只做流程演示講解）

3.1.序列質(zhì)量控制：fastqc

3.2.序列拼接

3.3.基因預(yù)測(cè)及豐度分析

3.4.物種注釋

3.4.功能注釋

3.5.MetaSPAdes、MEGAN、metAMOS等軟件介紹

六、會(huì)務(wù)組：康老師：186-1160-5232（同微信）