| 會(huì)議日期 | 2018-03-29至 2018-04-02 |
| 會(huì)議地點(diǎn) | 山東濟(jì)南 |
| 會(huì)議學(xué)科 | 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)微生物 |
| 主辦單位 | 中國(guó)科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所煙臺(tái)分所 |
| 學(xué)分情況 | 無 |
一、培訓(xùn)特色：
主題明確，針對(duì)性強(qiáng)，理論和實(shí)踐結(jié)合，主講與學(xué)員研討的方式進(jìn)行
講師擁有豐富的微生物數(shù)據(jù)分析和項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)
課下主講老師為您所遇到的問題提供個(gè)性化解答
配合研究中所需的要點(diǎn)，圍繞實(shí)際研究中常用的軟件展開
學(xué)員通過與專家直接交流，能夠分享到頂尖學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)的研究經(jīng)驗(yàn)和實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)思路
二、組織機(jī)構(gòu)
主辦單位：中國(guó)科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所煙臺(tái)分所
承辦單位：中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院
主講專家：中國(guó)科學(xué)院基因組研究所
三培訓(xùn)內(nèi)容：
| 一、微生物組學(xué)研究趨勢(shì)與方法 1、單菌不同水平（如DNA、RNA、蛋白等）的研究趨勢(shì)和方法 2、如何利用這些組學(xué)研究的內(nèi)容 二、序列組裝和功能分析---DNA水平 1、如何利用和比較illumina和454數(shù)據(jù)在序列組裝上的優(yōu)缺點(diǎn)。 2、如何利用Sanger測(cè)序的結(jié)果進(jìn)行PCR補(bǔ)洞 3、基于組裝好的序列進(jìn)行組分（基因、功能元件、非編碼RNA等）和功能分析 4、微生物分析內(nèi)容和方法 5、討論如何聯(lián)合DNA和RNA分析結(jié)果形成真正的trans研究 |
| 三、微生物基因組 1、微生物基因組學(xué)的發(fā)展歷史和前沿科學(xué)問題 2、微生物群落和宏（元）基因組學(xué) 2.1微生物群落的動(dòng)態(tài)平衡 2.2人體微生物群落特征 2.3微生物群落和疾病 3、病原菌泛基因組學(xué)和進(jìn)化研究 3.1微生物基因組的特征 3.2基因相互作用網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu) 3.3生態(tài)環(huán)境與種群基因組進(jìn)化 4、病原菌轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞研究 4.1單細(xì)胞研究的必要性和需要注意的問題 4.2病原菌在壓力條件下，單細(xì)胞的基因表達(dá)和調(diào)控 5、從微生物基因組學(xué)的角度理解病原菌致病性 5.1致病菌的基因組特征和進(jìn)化 5.2微生物群落對(duì)致病菌的控制作用 5.3環(huán)境因素誘導(dǎo)基因表達(dá)對(duì)致病性的影響 |
| 一、高通量時(shí)代的宏基因組學(xué)研究 1.應(yīng)用于宏基因組學(xué)研究的NGS平臺(tái) 1.1Roche/454GSFLXTitanium1.2HiSeq20001.3PacBioRSII 2.實(shí)驗(yàn)流程 2.1實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì) 2.1.1Amplicon-based:細(xì)菌16SrRNA，古菌16SrRNA，真菌ITS，真菌18S 2.1.2Wholemeta-genomeorwholemeta-transcriptome 2.2建議測(cè)序量 2.3樣本采集流程，水體、糞便、腸道內(nèi)容物、土壤、物體表面、口腔 3.生物信息學(xué)分析結(jié)果解析 3.1測(cè)序結(jié)果評(píng)估，數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)、OUT聚類、稀釋性曲線（Rarefactioncurve），指數(shù)分析（Alpha-diversity）、OUT分類學(xué)分析（Taxonomy） 3.2群落結(jié)構(gòu)及豐度分析：Shannonindex曲線、Rank_abundance曲線、樣本群落組成分析、樣品OUT分布Venn圖、Heatmap圖、PCR主成分分析 3.3分類學(xué)和進(jìn)行關(guān)系分析：系統(tǒng)發(fā)生進(jìn)化樹、UniFractionPCoA、UnifracTree、NMDS、RDA/CCA 4生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析工具 4.1序列質(zhì)量控制（qualitycontrol）:fastqc 4.2序列組裝（Metagenomicassemblytool）:MetaVelvet;Meta-IDBA;Genovo;Bambus2 4.3Shortreadalignmentandmappingtoreferencegenome:Bowtie;BWA;SOAP3;mrsFAST 4.4多樣性分析（Microbialdiversityanalysis）:MLST;Axiome;PHACGS 4.5功能注釋（Functionalannotation）:RAMMCAP 4.6基因注釋（Geneannotation/genecalling）:FragGeneScan;MetaGeneMark;MetaGeneAnnotator 4.7聚類（Binning）:TETRA;MetaCluster;Phymm 4.8一站式服務(wù)器（Automatedplatforms/serversforcomparativeandfunctionalanalysis）:MG-RAST;MEGAN4;CAMERA;GALAXY 5宏基因組勘探（Prospectingmetagenomes）: 5.1Substrateinducedgeneexpression（SIGEX） 5.2Metaboliteregulatedexpression（METREX） 5.3Productinducedgeneexpression（PIGEX） 6案例分析，大型宏基因組項(xiàng)目 6.1Humanmicrobiome 6.2EarthMicrobiome |
四、報(bào)名費(fèi)用：
每人￥4300元（含報(bào)名費(fèi)、培訓(xùn)費(fèi)、資料費(fèi)、考試費(fèi)、證書費(fèi)），食宿可統(tǒng)一安排，費(fèi)用自理。
五、報(bào)名咨詢聯(lián)系人：陳老師17600011681（同微信）
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