醫(yī)學(xué)會議中心

會議日期	2018-03-29至 2018-04-02
會議地點	山東濟南
會議學(xué)科	基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)微生物
主辦單位	中國科學(xué)院計算技術(shù)研究所,煙臺分所
學(xué)分情況	無

一、培訓(xùn)特色：

主題明確，針對性強，理論和實踐結(jié)合，主講與學(xué)員研討的方式進行

講師擁有豐富的微生物數(shù)據(jù)分析和項目執(zhí)行經(jīng)驗

課下主講老師為您所遇到的問題提供個性化解答

配合研究中所需的要點，圍繞實際研究中常用的軟件展開；

學(xué)員通過與專家直接交流，能夠分享到頂尖學(xué)術(shù)機構(gòu)的研究經(jīng)驗和實驗設(shè)計思路。

二、培訓(xùn)內(nèi)容

一、微生物組學(xué)研究趨勢與方法

1、單菌不同水平（如DNA、RNA、蛋白等）的研究趨勢和方法

2、如何利用這些組學(xué)研究的內(nèi)容

二、序列組裝和功能分析——DNA水平

1、如何利用和比較illumina和454數(shù)據(jù)在序列組裝上的優(yōu)缺點。

2、如何利用Sanger測序的結(jié)果進行PCR補洞

3、基于組裝好的序列進行組分（基因、功能元件、非編碼RNA等）和功能分析

4、微生物分析內(nèi)容和方法

5、討論如何聯(lián)合DNA和RNA分析結(jié)果形成真正的trans研究

三、微生物基因組

1、微生物基因組學(xué)的發(fā)展歷史和前沿科學(xué)問題

2、微生物群落和宏（元）基因組學(xué)

2.1微生物群落的動態(tài)平衡

2.2人體微生物群落特征

2.3微生物群落和疾病

3、病原菌泛基因組學(xué)和進化研究

3.1微生物基因組的特征

3.2基因相互作用網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)

3.3生態(tài)環(huán)境與種群基因組進化

4、病原菌轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞研究

4.1單細(xì)胞研究的必要性和需要注意的問題

4.2病原菌在壓力條件下，單細(xì)胞的基因表達和調(diào)控

5、從微生物基因組學(xué)的角度理解病原菌致病性

5.1致病菌的基因組特征和進化

5.2微生物群落對致病菌的控制作用

5.3環(huán)境因素誘導(dǎo)基因表達對致病性的影響

一、高通量時代的宏基因組學(xué)研究

1.應(yīng)用于宏基因組學(xué)研究的NGS平臺

1.1Roche/454GSFLXTitanium 1.2HiSeq2000  1.3PacBioRSII

2.實驗流程

2.1實驗設(shè)計

2.1.1Amplicon-based：細(xì)菌16SrRNA，古菌16SrRNA，真菌ITS，真菌18S

2.1.2Wholemeta-genomeorwholemeta-transcriptome

2.2建議測序量

2.3樣本采集流程，水體、糞便、腸道內(nèi)容物、土壤、物體表面、口腔

3.生物信息學(xué)分析結(jié)果解析

3.1測序結(jié)果評估，數(shù)據(jù)統(tǒng)計、OUT聚類、稀釋性曲線（Rarefactioncurve），指數(shù)分析（Alpha-diversity）、OUT分類學(xué)分析（Taxonomy）

3.2群落結(jié)構(gòu)及豐度分析：Shannonindex曲線、Rank_abundance曲線、樣本群落組成分析、樣品OUT分布Venn圖、Heatmap圖、PCR主成分分析

3.3分類學(xué)和進行關(guān)系分析：系統(tǒng)發(fā)生進化樹、UniFractionPCoA、UnifracTree、NMDS、RDA/CCA

4 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析工具

4.1序列質(zhì)量控制（qualitycontrol）：fastqc

4.2序列組裝（Metagenomicassemblytool）：MetaVelvet；Meta-IDBA；Genovo；Bambus2

4.3Shortreadalignmentandmappingtoreferencegenome：Bowtie；BWA；SOAP3；mrsFAST

4.4多樣性分析（Microbialdiversityanalysis）：MLST；Axiome；PHACGS

4.5功能注釋（Functionalannotation）：RAMMCAP

4.6基因注釋（Geneannotation/genecalling）：FragGeneScan；MetaGeneMark；MetaGeneAnnotator

4.7聚類（Binning）：TETRA；MetaCluster；Phymm

4.8一站式服務(wù)器（Automatedplatforms/serversforcomparativeandfunctionalanalysis）：MG-RAST；MEGAN4；CAMERA；GALAXY

5 宏基因組勘探（Prospectingmetagenomes）：

5.1Substrateinducedgeneexpression（SIGEX）

5.2Metaboliteregulatedexpression（METREX）

5.3Productinducedgeneexpression（PIGEX）

6 案例分析，大型宏基因組項目

6.1Humanmicrobiome

6.2EarthMicrobiome

三、報名辦法及費用：

每人￥4300元（含報名費、培訓(xùn)費、資料費、上機費等相關(guān)費用），食宿可統(tǒng)一安排，費用自理。請各有關(guān)部門統(tǒng)一組織本地區(qū)行政、企事業(yè)單位報名參加培訓(xùn)，各單位也可直接報名參加。

四、聯(lián)系方式：

聯(lián)系人：張愛國老師

聯(lián)系電話：13683111214  郵箱：zky_im@vip.126.com

主辦單位：中國科學(xué)院計算技術(shù)研究所煙臺分所

承辦單位：中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院

主講專家：中國科學(xué)院微生物研究所

中國科學(xué)院基因組研究所

中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院藥用植物研究所