醫(yī)學(xué)會議中心

會議日期	2016-12-08至 2016-12-12
會議地點(diǎn)	廣東廣州
會議學(xué)科	基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)微生物
主辦單位	中國科學(xué)院計算技術(shù)研究所
學(xué)分情況	國家級II類

　　各有關(guān)單位：

　　近年來，微生物學(xué)作為新興學(xué)科迅速蓬勃發(fā)展，廣泛應(yīng)用于生命科學(xué)各個領(lǐng)域，已成為21世紀(jì)生命科學(xué)與生物技術(shù)的重要戰(zhàn)略前沿和主要突破口。為進(jìn)一步推動我國微生物學(xué)的發(fā)展，提高從業(yè)人員的技術(shù)水平，更好地與微生物研究領(lǐng)域的專家學(xué)者們分享、交流在微生物研究領(lǐng)域中的心得、經(jīng)驗(yàn)。“智能信息處理技術(shù)”為人力資源與社會保障部中國科學(xué)院北京分院國家級專業(yè)技術(shù)人員繼續(xù)教育基地培訓(xùn)點(diǎn)培訓(xùn)項(xiàng)目，“生物信息”為智能信息處理技術(shù)系列培訓(xùn)項(xiàng)目之一。應(yīng)廣大行業(yè)工作者的要求，北京海淀中科計算技術(shù)轉(zhuǎn)移中心（中科院計算所技術(shù)轉(zhuǎn)移中心）舉辦“生物信息最新技術(shù)——微生物專題培訓(xùn)班，由北京嘉誠永恒科技有限公司具體承辦。培訓(xùn)班采用理論和演示相結(jié)合的教學(xué)形式，使學(xué)員在短時間內(nèi)對微生物研究中涉及的知識和方法得到進(jìn)一步地提高，同時學(xué)員與授課專家進(jìn)行現(xiàn)場交流與咨詢，探討學(xué)員在平時工作、研究中的瓶頸問題。與同行交流以拓寬自己的研究思路，共同探討和挖掘微生物資源的科學(xué)研究價值和應(yīng)用前景。具體事宜通知如下：

　　一、培訓(xùn)目標(biāo)及特點(diǎn)：

　　培訓(xùn)立足于最新技術(shù)和工具，強(qiáng)調(diào)融會貫通，強(qiáng)調(diào)綜合應(yīng)用。采用“互動式教學(xué)，討論式授課，案例式學(xué)習(xí)” 的教學(xué)模式。培訓(xùn)邀請的主講老師均是有理論和實(shí)際研究經(jīng)驗(yàn)的專家。學(xué)員通過與專家直接交流，能夠分享到頂尖學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)的研究經(jīng)驗(yàn)和實(shí)驗(yàn)設(shè)計思路。學(xué)員通過集中專題學(xué)習(xí)后能夠擴(kuò)展思路，在研究技術(shù)方面領(lǐng)悟更多。

　　二、培訓(xùn)對象：

　　大中專院校生物信息、生物計算、生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、化學(xué)、農(nóng)學(xué)、計算機(jī)科學(xué)、數(shù)學(xué)類專業(yè)的課程負(fù)責(zé)人、一線教師、教研室骨干人員、教學(xué)管理人員；科研單位從事生物、生命科學(xué)、微生物研究的相關(guān)人員；生物、醫(yī)藥、化學(xué)及相關(guān)企業(yè)的領(lǐng)導(dǎo)與技術(shù)骨干。

　　三、時間地點(diǎn)：

　　2016年12月8日——12月12日   廣州

　�。〞r間安排：第1天報到，授課4天）

　　四、培訓(xùn)內(nèi)容

　　一、高通量時代的宏基因組學(xué)研究

　　1.應(yīng)用于宏基因組學(xué)研究的 NGS 平臺

　　1.1Roche/454 GS FLX Titanium

　　1.2HiSeq 2000

　　1.3PacBio RSII

　　2. 實(shí)驗(yàn)流程

　　2.1實(shí)驗(yàn)設(shè)計

　　2.1.1 Amplicon-based： 細(xì)菌 16S rRNA，古菌 16S rRNA，真菌 ITS， 真菌 18S

　　2.1.2Whole meta-genome or whole meta-transcriptome

　　2.2 建議測序量

　　2.3樣本采集流程，水體、糞便、腸道內(nèi)容物、土壤、物體表面、口腔

　　3. 生物信息學(xué)分析結(jié)果解析

　　3.1測序結(jié)果評估，數(shù)據(jù)統(tǒng)計、OUT 聚類、稀釋性曲線（Rarefaction curve），指數(shù)分析

　�。ˋlpha-diversity）、OUT 分類學(xué)分析（Taxonomy）

　　3.2群落結(jié)構(gòu)及豐度分析：Shannon index 曲線、Rank_abundance 曲線、樣本群落組成 分析、樣品 OUT 分布 Venn 圖、Heatmap 圖、PCR 主成分分析

　　3.3分類學(xué)和進(jìn)行關(guān)系分析：系統(tǒng)發(fā)生進(jìn)化樹、UniFraction PCoA、UnifracTree、NMDS、 RDA/CCA

　　4  生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析工具

　　4.1序列質(zhì)量控制（quality control）： fastqc

　　4.2序列組裝（Metagenomic assembly tool）： MetaVelvet； Meta-IDBA； Genovo； Bambus 2

　　4.3Short read alignment and mapping to reference genome： Bowtie； BWA； SOAP3； mrsFAST

　　4.4多樣性分析（Microbial diversity analysis）： MLST； Axiome； PHACGS

　　4.5功能注釋（Functional annotation）： RAMMCAP

　　4.6基因注釋（ Gene annotation/gene calling ） ： FragGeneScan； MetaGeneMark； MetaGeneAnnotator

　　4.7聚類（Binning）： TETRA； MetaCluster； Phymm

　　4.8一站式服務(wù)器（Automated platforms/servers for comparative and functional analysis）： MG-RAST； MEGAN 4； CAMERA； GALAXY

　　5  宏基因組勘探（Prospecting metagenomes）：

　　5.1Substrate induced gene expression （SIGEX）

　　5.2Metabolite regulated expression （METREX）

　　5.3Product induced gene expression （PIGEX）

　　6  案例分析，大型宏基因組項(xiàng)目

　　6.1Human microbiome

　　6.2 Earth Microbiome

　　二、微生物組學(xué)研究趨勢與方法

　　1、單菌不同水平（如DNA、RNA、蛋白等）的研究趨勢和方法

　　2、如何利用這些組學(xué)研究的內(nèi)容

　　三、序列組裝和功能分析——DNA水平

　　1、如何利用和比較illumina和454數(shù)據(jù)在序列組裝上的優(yōu)缺點(diǎn)。

　　2、如何利用Sanger測序的結(jié)果進(jìn)行PCR補(bǔ)洞

　　3、基于組裝好的序列進(jìn)行組分（基因、功能元件、非編碼RNA等）和功能分析

　　4、微生物分析內(nèi)容和方法

　　5、討論如何聯(lián)合DNA和RNA分析結(jié)果形成真正的trans研究

　　四、微生物基因組

　　1、微生物基因組學(xué)的發(fā)展歷史和前沿科學(xué)問題

　　2、 微生物群落和宏（元）基因組學(xué)

　　2.1 微生物群落的動態(tài)平衡

　　2.2 人體微生物群落特征

　　2.3 微生物群落和疾病

　　3、病原菌泛基因組學(xué)和進(jìn)化研究

　　3.1 微生物基因組的特征

　　3.2 基因相互作用網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)

　　3.3 生態(tài)環(huán)境與種群基因組進(jìn)化

　　4、病原菌轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞研究

　　4.1 單細(xì)胞研究的必要性和需要注意的問題

　　4.2 病原菌在壓力條件下，單細(xì)胞的基因表達(dá)和調(diào)控

　　5、從微生物基因組學(xué)的角度理解病原菌致病性

　　5.1 致病菌的基因組特征和進(jìn)化

　　5.2 微生物群落對致病菌的控制作用

　　5.3 環(huán)境因素誘導(dǎo)基因表達(dá)對致病性的影響

　　五、主講專家：

　　主講專家來自中科院等科研機(jī)構(gòu)的高級專家，擁有豐富的科研及工程技術(shù)經(jīng)驗(yàn)，長期從事生物信息領(lǐng)域項(xiàng)目研究，具有資深的技術(shù)底蘊(yùn)和專業(yè)背景。

　　六、學(xué)以致用：

　　旨在幫助學(xué)員準(zhǔn)確把握行業(yè)動態(tài)和發(fā)展趨勢，了解企業(yè)對專業(yè)的要求與用人標(biāo)準(zhǔn)，從而能有針對性地設(shè)置教學(xué)體系，課程安排，將課程體系與企業(yè)用人的實(shí)際要求緊密結(jié)合起來,更能幫助學(xué)校尋找實(shí)訓(xùn)基地和鋪設(shè)就業(yè)渠道。

　　七、頒發(fā)證書：

　　學(xué)員經(jīng)培訓(xùn)考試合格后可以獲得：

　　1. 由人力資源與社會保障部中國科學(xué)院北京分院國家級專業(yè)技術(shù)人員繼續(xù)教育基地頒發(fā)專業(yè)技術(shù)人員高級研修項(xiàng)目證書,該證書可作為專業(yè)技術(shù)人員考核、職稱評聘、崗位聘任、職業(yè)注冊的重要依據(jù)。

　　證書查詢網(wǎng)站：

　　2.由北京海淀中科計算技術(shù)轉(zhuǎn)移中心頒發(fā)的《生物信息工程師》培訓(xùn)證書。

　　八、報名辦法及費(fèi)用：

　　每人￥4300元（含報名費(fèi)、培訓(xùn)費(fèi)、資料費(fèi)、證書相關(guān)費(fèi)用），食宿可統(tǒng)一安排，費(fèi)用自理。請各有關(guān)部門統(tǒng)一組織本地區(qū)行政、企事業(yè)單位報名參加培訓(xùn)，各單位也可直接報名參加，報名回執(zhí)表請傳真至?xí)��?wù)處。

　　九、聯(lián)系方式：

　　聯(lián)系人：張建國       移動電話：131 2696 6869

　　聯(lián)系電話/傳真： 010-58032566  郵箱：zkyjsjs@vip.126.com

　　官方網(wǎng)址：