醫(yī)學(xué)會議中心

會議日期	2017-09-22至 2017-09-26
會議地點	北京海淀區(qū)
會議學(xué)科	基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)生物學(xué)
主辦單位	北京中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院
學(xué)分情況	無

本次培訓(xùn)班 將成熟的分析方法對學(xué)員進(jìn)行傳授，同時配以大量的成功實例進(jìn)行講解，讓學(xué)員們領(lǐng)悟到生物數(shù)據(jù)分析的精髓。上課專家經(jīng)驗豐富，在生物信息學(xué)領(lǐng)域有豐富的工作經(jīng)驗。結(jié)合具體案例，一切從實際出發(fā)。

課程力求“有點有面，實用高效”，理論授課與上機(jī)實踐有機(jī)結(jié)合，使學(xué)員既能夠?qū)W會思考和設(shè)計科學(xué)實驗，也能夠獨(dú)立使用生物信息學(xué)基本方法和常用工具，力求學(xué)有所用，學(xué)有所值。

培訓(xùn)內(nèi)容：

一、基因組學(xué)的進(jìn)展及應(yīng)用

DNA測序技術(shù)-轉(zhuǎn)錄組分析的進(jìn)化

第一代測序技術(shù)：Sanger測序原理

第二代測序技術(shù)：Illumina，454, Ion Torrent原理

第三代測序技術(shù)：PacBio, Hellicos原理

第四代測序技術(shù)：Oxford NanoPore原理

其他技術(shù)Hybridization based methods （NabSys）

生物信息學(xué)基本技能：

基于virtual box的linux虛擬機(jī)的安裝及使用（實驗）

云服務(wù)器登陸及文件傳輸（實驗）

常用LINUX命令（實驗）

簡單shell腳本的編寫（實驗）

二、高通量測序應(yīng)用

基因組測序和組裝

第二代測序技術(shù)應(yīng)用

ChIRP-Seq, GRO-Seq, Ribo-Seq）/ARTseq, RIP-Seq, HITS-CLIP,     CLIP-Seq, PAR-CLIP, iCLIP, NET-Seq, TRAP-Seq, CLASH-Seq, PARE-Seq, GMUCT, TIF-Seq, PEAT等方法的原理解析第三代測序的應(yīng)用植物、動物全基因組測序研究實例

三、轉(zhuǎn)錄組分析

Experimental procedure for transcriptomic analysis

Introduction

Number of duplications, Sequencing coverage

Transcriptomic analysis using NGS （RNA-Seq）

Transcriptomic analysis using PacBio （Iso-Seq）

IsoSeq Experimental design

Data analysis （part 1）：data pre-processing

evaluation of data quality 數(shù)據(jù)分析

Data format，fasta，fastq，quality value，gff3

Data cleanup

Quality filter, trimmer, clipper

Data analysis （part 2）：reference free analyses，無參轉(zhuǎn)錄組分析

Gene discovery

Trinity de novo transcriptome assembly

Analysis of Differential Expressed Gene （DEGs）

Abundance estimation using RSEM

Differential expression analysis using EdgeR

Explore the results （cummerbund）

MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate （FDR）

hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance,gene

expression profiles.

Data analysis （part 3）：reference based analyses，有參轉(zhuǎn)錄組分析

Gene discovery

Mapping reads to the reference （tophat）

Assemble mapped reads （cufflinks）

Merge sample-specific assemblies （cuffmerge）

Analysis of Differentially Expressed Gene （DEGs）

Identify DEGs （cuffdiff）

Explore the results （cummerbund）

Data analysis （part 4）：from gene list to gene function，基因功能注釋

File format for annotation information： GFF3

Annotation

Enrichment analysis using DAVID

四、表觀基因組數(shù)據(jù)

數(shù)據(jù)的產(chǎn)生、處理與分析

ChIP-Seq與DNA甲基化測序

主要分析方法和原理

-數(shù)據(jù)質(zhì)量檢查和質(zhì)量控制

-數(shù)據(jù)前處理

Peak calling算法介紹

DNA Accessibility解析

3D Chromatin Structure解析

UCSC Genome Browser工具介紹與應(yīng)用

五、ENCODE項目

ENCODE項目背景、目標(biāo)、實驗種類介紹

數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)倉庫的概況

工具介紹： ChromHMM, Segway, chromImpute等。

數(shù)據(jù)資源： regulomeDB, HaploReg等。

其他應(yīng)用與項目如Epigenome Roadmap等

六、TCGA項目及其他

TCGA項目背景、目標(biāo)、實驗種類介紹

數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)倉庫的概況

臨床數(shù)據(jù)介紹

SNV, CNV等識別

多維基因組數(shù)據(jù)分析

cBioPortal工具的介紹與應(yīng)用

CCLE、CGP項目的介紹與應(yīng)用

培訓(xùn)特色：

1、講師擁有豐富的數(shù)據(jù)分析和軟件研發(fā)經(jīng)驗。

2、主題明確，針對性強(qiáng)。理論與實踐結(jié)合，針對專題內(nèi)容進(jìn)行深入講解。

3、精心挑選上機(jī)軟件，實用性強(qiáng)，方便學(xué)員課下獨(dú)立操作。

培訓(xùn)地點：北京

培訓(xùn)時間：2017.9.22——9.26  （22號報道，23、24、25、26四天授課）

聯(lián) 系 人：張愛國

聯(lián)系電話：13683111214