醫(yī)學(xué)會(huì)議中心

會(huì)議日期	2017-12-08至 2017-12-12
會(huì)議地點(diǎn)	福建福州
會(huì)議學(xué)科	科研/教育生物與醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)
主辦單位	中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院
學(xué)分情況	無(wú)

一、培訓(xùn)特色：

主題明確，針對(duì)性強(qiáng)，理論和實(shí)踐結(jié)合，主講與學(xué)員研討的方式進(jìn)行

講師擁有豐富的微生物數(shù)據(jù)分析和項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)

課下主講老師為您所遇到的問(wèn)題提供個(gè)性化解答

配合研究中所需的要點(diǎn)，圍繞實(shí)際研究中常用的軟件展開；

學(xué)員通過(guò)與專家直接交流，能夠分享到頂尖學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)的研究經(jīng)驗(yàn)和實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)思路。

二、時(shí)間地點(diǎn)：2017年12月08日——12月12日   福建 福州

（時(shí)間安排：第1天報(bào)到，授課4天）

三、培訓(xùn)內(nèi)容：

一、微生物組學(xué)研究趨勢(shì)與方法

1、單菌不同水平（如DNA、RNA、蛋白等）的研究趨勢(shì)和方法

2、如何利用這些組學(xué)研究的內(nèi)容

二、序列組裝和功能分析——DNA水平

1、如何利用和比較illumina和454數(shù)據(jù)在序列組裝上的優(yōu)缺點(diǎn)。

2、如何利用Sanger測(cè)序的結(jié)果進(jìn)行PCR補(bǔ)洞

3、基于組裝好的序列進(jìn)行組分（基因、功能元件、非編碼RNA等）和功能分析

4、微生物分析內(nèi)容和方法

5、討論如何聯(lián)合DNA和RNA分析結(jié)果形成真正的trans研究

三、微生物基因組

（1）理論：

1、微生物基因組和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

1.1、微生物基因組研究的意義

1.2、微生物基因組研究概況

1.3、微生物基因組的特點(diǎn)

1.4、微生物轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

（2）上機(jī)實(shí)習(xí)：

1.Linux系統(tǒng)操作簡(jiǎn)介   1.1 Linux簡(jiǎn)史

1.2 Linux與生物信息學(xué)  1.3 Linux基本命令

1.4 Linux基本操作綜合實(shí)踐

2.細(xì)菌基因組常規(guī)分析流程

2.1 原始數(shù)據(jù)評(píng)估   2.2 基因組拼接、注釋

2.3 功能注釋   2.4 進(jìn)化樹分析

2.5 多菌株泛基因組分析

3.Python編程語(yǔ)言簡(jiǎn)介

3.1 Python安裝    3.2 Python基本語(yǔ)法

3.3 Python文件讀取、文件輸出   3.4 Python在生物信息中的實(shí)踐

四、微生物宏基因組

（i）理論   （1）宏基因組學(xué)

1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法

1.1. 測(cè)序平臺(tái)、引物設(shè)計(jì)及區(qū)域選擇不同測(cè)序平臺(tái)、針對(duì)細(xì)菌、真菌不同微生物實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

1.2. 測(cè)序量及采樣建議 針對(duì)水體、糞便、土壤、物體表面、口腔等不同生境

1.3. 分析流程圖  數(shù)據(jù)收集、數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)分析

1.4. 結(jié)果解析

1.4.1 OTU聚類  1.4.2 物種注釋

1.4.3 物種分布情況   1.4.4 樣品復(fù)雜度分析：α多樣性

Coverage  Chao指數(shù)

ACE指數(shù)   Shannon曲線   Richness rarefaction曲線

1.4.5 多樣品比較分析：β多樣性

樣品間物種豐度熱圖

排序分析：

PCA分析  PCoA分析  NMDS分析  Unifrac分析  樣品聚類分析

2. DSS （direct shotgun sequencing）法

2.1. 分析流程  2.2. 功能注釋分析  2.3. 代謝途徑解析

五、宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)

1. 介紹

2. 物種組成、功能及代謝途徑分析

六、宏基因組學(xué)實(shí)踐應(yīng)用

（ii）上機(jī)實(shí)習(xí)

1. 筆記本電腦配置要求建議筆記本內(nèi)存4G以上，64位操作系統(tǒng)

2. 針對(duì)16S rDNA amplicon sequencing分析

2.1. 虛擬機(jī)安裝：Virtual Box

2.2. 16S分析運(yùn)行環(huán)境搭建：QIIME Virtual Machine

2.3. 實(shí)例演示及結(jié)果展示

數(shù)據(jù)預(yù)處理

OTU 聚類   物種注釋   OTU table生成  α多樣性分析

序列比對(duì)構(gòu)建進(jìn)化樹  β多樣性分析

3. 針對(duì)shotgun sequencing分析（只做流程演示講解）

3.1. 序列質(zhì)量控制：fastqc  3.2. 序列拼接

3.3. 基因預(yù)測(cè)及豐度分析  3.4. 物種注釋

3.4. 功能注釋  3.5. MetaSPAdes、MEGAN、metAMOS等軟件介紹

（2）上機(jī)實(shí)習(xí)：perl語(yǔ)言在微生物基因組分析中的應(yīng)用

1. perl入門

1.1 perl語(yǔ)言簡(jiǎn)介 1.2 基本操作

1.3 控制結(jié)構(gòu)  1.4 模式匹配

2. perl語(yǔ)言操作綜合實(shí)踐

2.1 基因組拼接質(zhì)量評(píng)估  2.2 測(cè)序深度和覆蓋度計(jì)算  2.3 scaffold序列處理等

四、報(bào)名辦法及費(fèi)用：

每人￥4300元（含報(bào)名費(fèi)、培訓(xùn)費(fèi)、資料費(fèi)、考試費(fèi)、證書費(fèi)），食宿可統(tǒng)一安排，費(fèi)用自理。

聯(lián)系人：陳雪  15010971681

報(bào)名郵箱：zky-im@vip.163.com