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發(fā)布醫(yī)學(xué)會議通知

2019.6.24-26 生物信息學(xué)實戰(zhàn)——Linux基礎(chǔ)

會議日期 2019-06-24至 2019-06-26
會議地點 北京海淀區(qū)
會議學(xué)科 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)
主辦單位 中國生物工程學(xué)會計算生物學(xué)與生物信息學(xué)專委會
學(xué)分情況

生物信息學(xué)實戰(zhàn)——Linux基礎(chǔ)

前言: 
Linux跟大家熟知的Windows一樣,是計算機(jī)常用的操作系統(tǒng)之一。目前,大多數(shù)的生物信息學(xué)軟件都是在Linux操作系統(tǒng)上運行的,因此在學(xué)習(xí)生物信息學(xué)之前,Linux操作系統(tǒng)的學(xué)習(xí)是必不可少的。本課程針對初學(xué)者,結(jié)合生物信息學(xué)分析工作中的實際案例,由淺入深的講解Linux操作系統(tǒng)的使用及shell編程。課程內(nèi)容涉及目前在IT領(lǐng)域熱門的docker容器技術(shù),實戰(zhàn)講解容器技術(shù)在生物信息分析中的應(yīng)用;課程還涉及高性能計算平臺的使用,學(xué)員可以實際操作高性能計算平臺來感受大數(shù)據(jù)分析的過程。

FAQ 
1、這個課是講哪個版本的Linux? 
答:課上主要講解穩(wěn)定性更高的Redhat系列版本,會以CentOS7操作系統(tǒng)為例。由于linux的操作都是相似的,不用擔(dān)心學(xué)習(xí)版本的問題。

2、課前需要有什么準(zhǔn)備嗎? 
答:僅帶筆記本電腦即可,且不限筆記本電腦的類型。課上登錄部署在我們服務(wù)器上的Linux進(jìn)行實際操作,中間會穿插講解如何在自己電腦上部署linux的環(huán)境。

培訓(xùn)對象:從事生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、農(nóng)學(xué)等領(lǐng)域科研工作者和高校教師及研究生及致力于從事生物信息分析的在校大學(xué)生及求職者 
主辦單位:中國生物工程學(xué)會計算生物學(xué)與生物信息學(xué)專委會 
承辦單位:北京市計算中心 
協(xié)辦單位:云計算關(guān)鍵技術(shù)與應(yīng)用北京市重點實驗室 
中國醫(yī)藥生物技術(shù)學(xué)會生物醫(yī)學(xué)信息技術(shù)分會 
北京市基因測序與功能分析工程技術(shù)研究中心 
中國生物工程雜志             
舉辦地點:北京市海淀區(qū)豐賢中路7號北科產(chǎn)業(yè)3號樓 
培訓(xùn)時間:2019.6.24-26(共3天) 
培訓(xùn)內(nèi)容及安排:


日期

時間

授課題目

授課內(nèi)容

第一天

09:30-10:30

1. Linux概述
2. bash常用命令(1)

1.講授Linux操作系統(tǒng)的發(fā)展進(jìn)程及特點,介紹其在生物信息、IT領(lǐng)域的應(yīng)用;
2.講授在命令行下使用bash命令進(jìn)行文件的增刪改減操作

10:30-12:00

1. bash常用命令(2) 
2.高級命令(1)

1. 補(bǔ)充在進(jìn)程監(jiān)控、網(wǎng)絡(luò)等操作系統(tǒng)方面常用的bash命令
2. 詳細(xì)講解編輯文件內(nèi)容的高級命令sed的使用

13:00-14:30

1.高級命令(2)
2.常用命令組合

1. 詳細(xì)講解高級命令awk的使用,及在生物信息數(shù)據(jù)方面的應(yīng)用。 
2. 結(jié)合以上講解的linux命令,講解常用的命令組合實現(xiàn)復(fù)雜的操作

14:30-15:30

Linux文件系統(tǒng)

講解linux文件系統(tǒng)的構(gòu)成,并講解權(quán)限、環(huán)境變量的概念

15:30-16:30

Vim編輯器

講解Linux自帶的Vim文本編輯器的使用,實現(xiàn)在命令行下快捷的編輯文本。

第二天

09:30-10:30

Shell編程(1)

講解shell編程的基礎(chǔ)語法、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu),結(jié)合bash命令生成基礎(chǔ)shell腳本

10:30-
12:00

Shell編程(2)

講解shell編程的if判斷、for循環(huán)的語法及練習(xí)

13:00-14:30

Shell編程(3)

講解shell編程的函數(shù)語法、變量的概念

14:30-16:30

Shell編程(4)

練習(xí)常用的shell腳本,講授在生物信息分析工作中shell腳本的使用

第三天

09:30-11:00

Linux下的軟件安裝

講解Linux下安裝軟件,尤其是生物信息學(xué)軟件的方法,并講解軟件的調(diào)用。

11:00-12:00

Docker在生物信息應(yīng)用

docker作為一種容器技術(shù)在生物信息軟件安裝方面的應(yīng)用,并講解docker的基礎(chǔ)操作

13:00-15:00

高性能計算平臺的介紹及使用

簡介高性能計算平臺的構(gòu)成及原理,并在計算中心的高性能平臺實戰(zhàn)操作

15:00-16:30

課堂答疑

根據(jù)學(xué)員在工作學(xué)習(xí)中的實際問題講解更多Linux的知識

(此表僅供參考,授課內(nèi)容以實際授課為準(zhǔn)) 
培訓(xùn)特色: 
Ø  一流的講師團(tuán)隊--基因組學(xué)專家與一線分析人員親自授課; 
Ø  全面的課程--技術(shù)應(yīng)用、原理流程、實例聯(lián)系全貫穿 
Ø  理論知識與上機(jī)操作相結(jié)合,為每位學(xué)員提供實際操作機(jī)會 
Ø  增值服務(wù),課下主講老師將為您實際工作中遇到的問題提供個性化解答 
Ø  小班教學(xué),每期培訓(xùn)班的人數(shù)不超過35人。 
報名費用: 
培訓(xùn)費:2800元,含聽課費、材料費、上機(jī)費。請自帶筆記本電腦用以上機(jī)實習(xí)。材料:《高通量測序與高性能計算理論和實踐》北京科學(xué)技術(shù)出版社。食宿自理,酒店自行預(yù)定。
【報名優(yōu)惠政策】 
1、3人以上團(tuán)體報名每人可減少300元; 
2、4+1團(tuán)報,可免費贈送一個名額; 
3、上面優(yōu)惠政策不能同時享受,只能享受其中一種。 
培訓(xùn)以收到學(xué)員培訓(xùn)費為成功報名,培訓(xùn)座位按收到費用先后順序安排。 
付費方式:現(xiàn)金、支票、銀行轉(zhuǎn)賬、銀行匯款、現(xiàn)場刷卡 
單位全稱:北京市計算中心 
賬    號:0200151819100023937 
開戶銀行:中國工商銀行股份有限公司北京永豐支行 
(備注:在匯款明細(xì)里加上“生物計算事業(yè)部——您的姓名+單位”) 
請聯(lián)系: 
QQ號:3498448850

張老師18618295767(微信同號)    郵箱:bcc_peixun@163.com 
注:培訓(xùn)前一周前后,會有郵件/電話通知開班與否;如未收到,請電話聯(lián)系確認(rèn)。

 

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