醫(yī)學(xué)會議中心

各有關(guān)單位：

隨著新一代高通量測序技術(shù)的快速發(fā)展，在準(zhǔn)確度大大提高的前提下，進(jìn)一步降低測序成本。由此不斷產(chǎn)生出巨量的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)有著數(shù)量巨大、關(guān)系復(fù)雜的特點，以至于不利用計算機根本無法實現(xiàn)數(shù)據(jù)的存儲和分析。隨著生物信息學(xué)作為新興學(xué)科迅速蓬勃發(fā)展，正在改變?nèi)藗冄芯可�物醫(yī)學(xué)的傳統(tǒng)方式，高通量測序技術(shù)以及數(shù)據(jù)分析技術(shù)已成為探索生物學(xué)底層機制和研究人類復(fù)雜疾病診斷、治療及預(yù)后的重要工具，廣泛應(yīng)用于生命科學(xué)各個領(lǐng)域，是21世紀(jì)生命科學(xué)與生物技術(shù)的重要戰(zhàn)略前沿和主要突破口。為進(jìn)一步推動我國生物信息學(xué)特別是基因組學(xué)的發(fā)展，提高從業(yè)人員的技術(shù)水平，由 北京中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院與中科院北京基因組研究所基因組科學(xué)與信息重點實驗室 聯(lián)合舉辦“高通量測序深度應(yīng)用”高級培訓(xùn)班，由北京中科潤開生物科技有限公司具體承辦，相關(guān)事宜通知如下：

一、培訓(xùn)特點及目標(biāo)：

培訓(xùn)立足于最新技術(shù)和工具，強調(diào)融匯貫通，強調(diào)綜合應(yīng)用；

“采用互動式教學(xué)，討論式授課，案例試學(xué)習(xí)的授課模式”

會議邀請的主講專家都是有理論和實踐經(jīng)驗的研究人員，

學(xué)員通過與專家的直接交流，能夠分享這些頂尖學(xué)術(shù)機構(gòu)的研究經(jīng)驗和實驗設(shè)計思路，在研究技術(shù)方面領(lǐng)悟更多。

二、培訓(xùn)對象：

大中專院校生物信息、生物計算、生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、化學(xué)、農(nóng)學(xué)、計算機科學(xué)、數(shù)學(xué)類專業(yè)的課程負(fù)責(zé)人、一線教師、教研室骨干人員、教學(xué)管理人員；科研單位從事生物、生命科學(xué)、微生物研究的相關(guān)人員；生物、醫(yī)藥、化學(xué)及相關(guān)企業(yè)的領(lǐng)導(dǎo)與技術(shù)骨干。

三、報名辦法及費用：

每人￥3900元（含報名費、培訓(xùn)費、資料費、等相關(guān)費用）食宿統(tǒng)一安排，費用自理。請各有關(guān)部門統(tǒng)一組織本地區(qū)行政、企事業(yè)單位報名參加培訓(xùn)，各單位也可直接報名參加，報名回執(zhí)表請郵件回復(fù)至?xí)��?wù)組。

四、時間地點：         2018年6月29日——7月2日     北京

（時間安排：第1天報到，授課3天）

五、授課內(nèi)容：

1. DNA測序技術(shù)的進(jìn)化

a） 第一代測序技術(shù)：Sanger測序原理

b） 第二代測序技術(shù)：Illumina，454， Ion Torrent原理

c） 第三代測序技術(shù)：PacBio， Hellicos原理

d） 第四代測序技術(shù)：Oxford NanoPore原理

e） 其他技術(shù)Hybridization based methods （NabSys）

2. High throughput Sequencing for various biological problems

2.1 RNA Transcription

2.2. RNA Structure

2.3.  Low-Level RNA Detection， Digital RNA Sequencing

2.4.  Low-Level DNA Detection

2.5.  DNA Methylation

2.7.  Sequence Rearrangements

3. Data analysis （part 1）：data pre-processing

3.1 evaluation of data quality 數(shù)據(jù)分析

Data format，fasta，fastq，quality value，gff3

3.2 Data cleanup

Quality filter， trimmer， clipper

5. Data analysis （part 2）：reference free analyses，無參轉(zhuǎn)錄組分析

5 Data analysis （part 3）：reference based analyses，有參轉(zhuǎn)錄組分析

6 Data analysis （part 4）：from gene list to gene function，基因功能注釋

Lab

Lab1：Connection to cloudlab using Putty

Lab2：File transfer between cloudlab and local computer using filezilla

Lab3：Linux commands

Lab4：Reads quality evaluation： fastqc

Lab5a：Reads quality control： fastx tool kit

Lab5b：Processing the mapping file： samtool

Lab6：Reference free analysis： Tuxedo package

Lab7：Reference based analysis： Trinity package

Lab8：Annotation： Trinnotate

Lab9：Enrichment analysis using DAVID

實際授課內(nèi)容，會根據(jù)參會學(xué)員反應(yīng)的實際問題，進(jìn)行更有針對性的講解，歡迎大家隨時反應(yīng)平時在科研工做中遇到的問題。

需要具體紅頭文件請聯(lián)系于慧 老師

電話：136 9146 0671         QQ：2797053529