| 會議日期 | 2018-01-24至 2018-01-28 |
| 會議地點(diǎn) | 山東濟(jì)南 |
| 會議學(xué)科 | 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)動物醫(yī)學(xué) |
| 主辦單位 | 中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院 |
| 學(xué)分情況 | 無 |
一、培訓(xùn)目標(biāo)及特點(diǎn)：
本培訓(xùn)以第三代測序、第四代測序技術(shù)的應(yīng)用與數(shù)據(jù)分析、基因組、轉(zhuǎn)錄組為主題，精心設(shè)計(jì)了具有前沿性、實(shí)用性和針對性強(qiáng)的理論課程和上機(jī)實(shí)操課程。培訓(xùn)邀請的主講人均是有理論和實(shí)際研究經(jīng)驗(yàn)的人員，學(xué)員通過與專家直接交流能夠分享到這些頂尖學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)的研究經(jīng)驗(yàn)和實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)思路。學(xué)員通過集中專題學(xué)習(xí)后能夠擴(kuò)展思路，在研究技術(shù)方面領(lǐng)悟更多。
二、培訓(xùn)內(nèi)容：
| 章節(jié) | 內(nèi) 容 |
| 生物信息學(xué)介紹 | 生物信息學(xué)介紹與前沿技術(shù)動態(tài) |
| 序列的比對 | 1、全局比對 Clustalw,Muscle,Hmmer 2、局部比對 Blast, Sim4,Genewise 3、序列比對算法分析 |
基因組/基因注釋分析 |
1、新一代測序技術(shù)原理和數(shù)據(jù)處理介紹 2、基因組拼接與組裝 基因組de novo組裝方法 重復(fù)序列分析技術(shù) 3、 RNA分析 tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA RNA干擾，SiRNA預(yù)測技術(shù) 4、基因預(yù)測 原核：Glimmer，真核：Genescan, Augustus 5、 基因功能注釋及常用的數(shù)據(jù)庫介紹 |
| 基因組學(xué)研究概述 |
1、structural genomics: 結(jié)構(gòu)基因組學(xué) 2、functional genomics: 功能基因組學(xué) 3、Drug discovery: 藥物研發(fā) 4、Personalized medicine：個性化、精細(xì)醫(yī)療 |
| DNA測序技術(shù)-轉(zhuǎn)錄組分析的進(jìn)化 | 1、第一代測序技術(shù)：Sanger測序原理 2、第二代測序技術(shù)：Illumina，454, Ion Torrent原理 3、第三代測序技術(shù)：PacBio, Hellicos原理 4、第四代測序技術(shù):Oxford NanoPore原理 5、其他技術(shù)Hybridization based methods （NabSys） |
| Experimental procedure for transcriptomic analysis | Introduction Number of duplications Sequencing coverage Transcriptomic analysis using NGS （RNA-Seq） Transcriptomic analysis using PacBio （Iso-Seq） IsoSeq Experimental design |
| Data analysis （part 1）：data pre-processing |
evaluation of data quality 數(shù)據(jù)分析 Data format，fasta，fastq，quality value，gff3Data cleanup Quality filter, trimmer, clipper |
| Data analysis （part 2）：reference free analyses（無參轉(zhuǎn)錄組分析） | Gene discovery Trinity de novo transcriptome assembly Analysis of Differential Expressed Gene （DEGs） Abundance estimation using RSEM Differential expression analysis using EdgeR Explore the results （cummerbund） MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate （FDR） hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance,gene expression profiles. |
| 使用R語言進(jìn)行生物信息學(xué)相關(guān)的分析 | 使用R語言相關(guān)的包對轉(zhuǎn)錄組等組學(xué)的高通量測序數(shù)據(jù)進(jìn)行差異表達(dá)、富集分析等。 生物信息學(xué)專業(yè)圖KEGG、GO等的繪制方法與運(yùn)用R語言進(jìn)行實(shí)現(xiàn) |
| 基因組可視化軟件circos的使用 | 使用circos繪制基因組圈圖 |
| 生物信息學(xué)專業(yè)常用工具及繪圖方法 | 應(yīng)用生物信息常用的工具進(jìn)行專業(yè)繪圖及格式轉(zhuǎn)換； 學(xué)BioEdit、WeGO等常用生物學(xué)專業(yè)軟件的圖表及格式轉(zhuǎn)換 |
三、聯(lián)系方式：
報(bào)名電話：010-58032788
聯(lián)系人： 張愛國 咨詢電話：136 8311 1214
報(bào)名郵箱：zky_im@vip.126.com
了解培訓(xùn)班的詳細(xì)情況，請聯(lián)系張愛國老師。
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