大部分肛瘺由直腸肛管周圍膿腫引起，因此內(nèi)口多在齒狀線上肛竇處，膿腫自行破潰或切開引流處形成外口，位于肛周皮膚上。由于外口生長(zhǎng)較快，膿腫常假性愈合，導(dǎo)致膿腫反復(fù)發(fā)作破潰或切開，形成多個(gè)瘺管和外口，使單純性肛瘺成為復(fù)雜性肛瘺。瘺管由反應(yīng)性的致密纖維組織包繞，近管腔處為炎性肉芽組織醫(yī)學(xué)教|育網(wǎng)搜集整理，后期腔內(nèi)可上皮化。

結(jié)核、潰瘍性結(jié)腸炎、Crohn病等特異性炎癥、惡性腫瘤、肛管外傷感染也可引起肛瘺，但較為少見。