菌痢患者可反復發(fā)作或遷延不愈達2個月以上，部分病例可能與急性期治療不當或致病菌種類（福氏菌感染易轉為慢性）有關，也可能與全身情況差或胃腸道局部有慢性疾患有關。主要病理變化為結腸潰瘍性病變，潰瘍邊緣可有息肉形成，潰瘍愈合后留有瘢痕，導致腸道狹窄，若瘢痕正在腸腺開口處，可阻塞腸腺，導致囊腫形成，其中貯存的病原菌可因囊腫破裂而間歇排出。分型如下：

（1）慢性隱伏型 病人有菌痢史，但無臨床癥狀，大便病原菌培養(yǎng)陽性，作乙狀結腸鏡檢查可見菌痢的表現(xiàn)。

（2）慢性遷延型 病人有急性菌痢史，長期遷延不愈醫(yī)學教|育網(wǎng)搜集整理，腹脹或長期腹瀉，黏液膿血便，長期間歇排菌，為重要的傳染源。

（3）慢性型急性發(fā)作 病人有急性菌痢史，急性期后癥狀已不明顯，受涼、飲食不當?shù)日T因致使癥狀再現(xiàn)，但較急性期輕。