作為基礎醫(yī)學理論研究的一個方面，清代于醫(yī)史資料纂集、考證、評論等方面，有較明顯的進步。例如《古今圖書集成·醫(yī)部全錄》蔣廷錫等編纂，刊于1723年，其“醫(yī)術名流列傳”，以輯清初以前著名醫(yī)學家傳記共1200多則，為空前的全帙；而其選輯的藝文、紀事、雜論、外編等內容，亦多可作為醫(yī)史資料參考，反映出不同時代醫(yī)學面貌的一個側面。而王宏翰所撰《古今醫(yī)史》（1697年刊），醫(yī)學|教育網搜集整理所記古今醫(yī)家傳略對古來神怪傳說多所糾正，亦屬難能可貴。至若徐大椿《醫(yī)學源流論》，內多評騭古今醫(yī)家、醫(yī)著之文，言簡而賅，切中肯綮，實可以短篇醫(yī)史論文視之。復有王丙、字樸莊，于《吳醫(yī)匯講》卷九刊發(fā)“考正古方權量說”，對自古以來方書所用劑量從不同時代度量衡變遷角度及臨床實際情況予以一一考證，既甚有益于臨床，又為醫(yī)學史的權量變遷源流論文，頗具科學性。清代又有許多醫(yī)家、醫(yī)話類著作，其中對醫(yī)史文獻資料等內容亦每多涉及，反映出醫(yī)家們普遍對醫(yī)史研究的重視和新的興趣，此實是醫(yī)學史作為一門新的科學必將脫穎而出的前奏。