過去依靠細菌的形態(tài)、生化反應、抗原特異性、以及噬菌體分型等進行了細菌的分類。這些方法至今仍有實用價值。此外，還開展了細菌DNA分子中的G+C分類：即不同種的細菌基因型的差別程度可用細菌DNA分子中所含的鳥嘌呤和胞嘧啶在四種堿基意量中所占的成分比所反映。親緣關(guān)系密切，細菌DNA中G+C的含量（Mol%）相同或很接近；關(guān)系遠者則G+C量相差較大。除作G+C量測定外，還可以采用DNA分子雜交技術(shù)來比較兩種細菌的DNA鏈核苷酸序列間有無同源性。如果為同一種細菌則同源性雜交率可為100%.因此，醫(yī)|學教育網(wǎng)搜集整理根據(jù)細菌基因組的相對穩(wěn)定性，可鑒定出細菌間的相互關(guān)系。