1、三叉神經(jīng)痛：第三支易與舌咽神經(jīng)痛混淆。用4%可卡因或1%邦托卡因噴射咽后壁或扁桃體區(qū)，若疼痛減輕可與三叉神經(jīng)下頜支痛鑒別；

　　2、喉上神經(jīng)痛：喉上神經(jīng)為迷走神經(jīng)的分支，該神經(jīng)痛可單獨(dú)存在，也可與舌咽神經(jīng)痛伴發(fā)。疼痛發(fā)作常起自一側(cè)喉部，該處常有明顯壓痛，如在該區(qū)行局麻，往往疼痛暫時(shí)緩解，可資鑒別；醫(yī)`學(xué)教育網(wǎng)搜集整理

　　3、中間神經(jīng)痛：為一側(cè)耳部劇痛，發(fā)作時(shí)間較長，常伴外耳道或耳廓皰疹，有時(shí)可引起周圍性面癱。個(gè)別不典型僅表現(xiàn)為耳痛者，與表現(xiàn)為單純耳痛的舌咽神經(jīng)痛不易區(qū)別，這種情況手術(shù)時(shí)除切除舌咽神經(jīng)外，還需切除中間神經(jīng)；

　　4、繼發(fā)性舌咽神經(jīng)痛：疼痛為持續(xù)性，陣發(fā)性加重，無觸發(fā)點(diǎn)，檢查中可見患側(cè)有某些舌咽神經(jīng)功能障礙（如舌咽部感覺和舌后部味覺減退，咽反射遲鈍，軟鄂運(yùn)動(dòng)無力等）或其它陽性神經(jīng)體征。頭顱CT或MRI檢查有局部病變發(fā)現(xiàn)。