RNA聚合酶能夠識別并結(jié)合到DNA上的特定序列，這些序列被稱為啟動子。不同的RNA聚合酶類型會與不同類型的啟動子相結(jié)合。在原核生物中，RNA聚合酶本身就能夠直接識別和結(jié)合啟動子區(qū)域；而在真核生物中，這個過程則更為復雜，通常需要一些輔助蛋白質(zhì)，即轉(zhuǎn)錄因子的幫助。

啟動子區(qū)域能夠被RNA聚合酶識別的關(guān)鍵因素是其特定的DNA序列特征。例如，在原核生物中，最典型的啟動子包含兩個保守的六堿基對序列：位于起始位點上游約-10和-35處的TATA盒（Pribnow box）和TTGACA序列。這些序列對于RNA聚合酶準確地定位到轉(zhuǎn)錄起點至關(guān)重要。

在真核生物中，啟動子結(jié)構(gòu)更加多樣化，并且通常包含一個或多個核心啟動子元件，如TATA盒、CAAT盒、GC盒等。其中最常見的是位于轉(zhuǎn)錄起始位點上游約25-30個堿基對處的TATA盒。此外，還有其他類型的啟動子元件可以增強或調(diào)節(jié)基因表達水平。

當RNA聚合酶或者與轉(zhuǎn)錄因子形成的復合物識別并結(jié)合到這些特定序列上時，它會引發(fā)DNA雙鏈局部解旋，并開始沿著模板鏈合成互補的mRNA分子。這個過程就是基因表達的第一步——轉(zhuǎn)錄的啟動階段。