鹽析法分離蛋白質主要依據(jù)的是蛋白質在溶液中的溶解度受到鹽濃度的影響。當向含有蛋白質的水溶液中加入一定量的中性鹽（如硫酸銨、氯化鈉等）時，隨著鹽濃度的增加，蛋白質分子表面的電荷被屏蔽，減少了蛋白質與水分子之間的相互作用，導致蛋白質分子之間的疏水部分更容易相互接觸和聚集，從而降低其在水中的溶解度。當達到某一特定的鹽濃度時，蛋白質就會從溶液中析出形成沉淀。

這個過程可以分兩個階段來看：首先是在低鹽濃度下，隨著鹽濃度逐漸增加，蛋白質的溶解度會先有一個短暫的上升；這是由于加入少量的鹽能破壞水分子之間的氫鍵網(wǎng)絡結構，使原本被水化層包圍著的蛋白質表面暴露出來。但是當繼續(xù)增加鹽濃度時，電荷屏蔽效應占據(jù)主導地位，導致蛋白質之間相互吸引并聚集形成大顆粒而沉淀下來。

利用這一特性，在實際操作中可以通過調節(jié)溶液中的鹽濃度來控制不同種類或大小蛋白質的分離和純化過程。