多肽鏈形成二級結(jié)構(gòu)的過程主要依賴于分子內(nèi)部氨基酸殘基之間的氫鍵作用。在蛋白質(zhì)的多肽鏈中，每個氨基酸都通過肽鍵相連，而肽鍵具有部分雙鍵性質(zhì)，這使得相鄰的肽單元之間能夠以特定的角度旋轉(zhuǎn)，從而產(chǎn)生不同的構(gòu)象。

二級結(jié)構(gòu)是指蛋白質(zhì)主鏈按照一定的規(guī)律折疊形成的局部空間結(jié)構(gòu)，主要包括α-螺旋、β-折疊和轉(zhuǎn)角等幾種類型。這些結(jié)構(gòu)的形成主要由以下因素決定：
1. 氫鍵：在α-螺旋中，每個氨基酸殘基上的羰基氧與第四個氨基酸殘基上的氨基氫之間形成氫鍵；而在β-折疊結(jié)構(gòu)中，則是相鄰多肽鏈間或同一條多肽鏈上不同段落間的相應(yīng)位置的羰基氧和氨基氫之間形成氫鍵。這些氫鍵的存在穩(wěn)定了二級結(jié)構(gòu)。
2. 氨基酸序列：不同的氨基酸側(cè)鏈具有不同的物理化學(xué)性質(zhì)，如親水性、疏水性等，這會影響蛋白質(zhì)采取何種二級結(jié)構(gòu)。例如，含有較多帶電荷或極性的氨基酸殘基傾向于形成α-螺旋；而含有大量非極性和芳香族氨基酸的區(qū)域則更可能形成β-折疊。
3. 環(huán)境因素：溶液條件（如pH值、離子強度等）也會影響多肽鏈采取何種二級結(jié)構(gòu)。例如，在酸性條件下，某些蛋白質(zhì)可能會失去其天然構(gòu)象并重新折疊成不同的二級結(jié)構(gòu)。

綜上所述，多肽鏈通過內(nèi)部氫鍵的作用以及氨基酸殘基的物理化學(xué)性質(zhì)和外界環(huán)境條件的影響來形成穩(wěn)定的二級結(jié)構(gòu)。這些局部有序排列為后續(xù)更高層次的三級、四級結(jié)構(gòu)提供了基礎(chǔ)。