鑒別診斷需考慮下列有關(guān)疾病：

　　1 .克羅恩（Crohn）病回盲部克羅恩病的臨床表現(xiàn)、X 線及內(nèi)鏡所見與腸結(jié)核酷似，鑒別非常困難。鑒別要點(diǎn)包括：① 無腸外結(jié)核證據(jù)；② 有緩解與復(fù)發(fā)傾向，病程一般更長；③ X 線發(fā)現(xiàn)病變雖以回腸末段為主，但可有其他腸段受累，并呈節(jié)段性分布；④ 更多并發(fā)瘩管或肛門直腸周圍病變；⑤ 抗結(jié)核藥物治療無效；⑥ 臨床鑒別診斷有困難而行剖腹探查者，切除標(biāo)本及周圍腸系膜淋巴結(jié)均無結(jié)核證據(jù)，具有肉芽腫病變而無干酪樣壞死，鏡檢與動(dòng)物接種均無結(jié)核分枝桿菌發(fā)現(xiàn)。

　　2 .右側(cè)結(jié)腸癌  本病比腸結(jié)核發(fā)病年齡大，常在40 歲以上。一般無發(fā)熱、盜汗等結(jié)核毒血癥表現(xiàn)。X 線檢查主要見鋇劑充盈缺損，病變局限在結(jié)腸。結(jié)腸鏡檢查及活檢可確定結(jié)腸癌診斷。

　　3 .阿米巴病或血吸蟲病性肉芽腫  既往有相應(yīng)感染史。膿血便常見。糞便常規(guī)或孵化檢查發(fā)現(xiàn)有關(guān)病原體。結(jié)腸鏡檢查多有助鑒別診斷。相應(yīng)特效治療有效。

　　4 .其他  腸結(jié)核有時(shí)還應(yīng)與腸惡性淋巴瘤、耶爾森菌腸炎及一些少見的感染性腸病如非典型分枝桿菌（多見于艾滋病患者）、性病性淋巴肉芽腫、梅毒侵犯腸道、腸放線菌病等鑒別。以發(fā)熱為主要表現(xiàn)者需與傷寒等長期發(fā)熱性疾病鑒別。